А так в целом для Apache нужно лишь изменить umask для создаваемых файлов и папок на такой же, который мы использовали для настройки SFTP. Делается это путём добавления в /etc/apache2/envvars строчек:

# umask 007 для создания файлов с разрешениями 0660 и каталогов с 0770
umask 007

Источник: И снова о… LAMP и базово защищённый мини-хостинг своими руками